Einer der ältesten deutschen Siedlungskerne im Bereich der Stadt Leipzig ist der vicus St. Petri gewesen, eine Fischersiedlung unmittelbar südlich des heutigen Stadtkerns am östlichen Hochufer der Pleiße. Dieser Siedlungskern ist im Zuge einer ersten Einwanderung deutscher Siedler im 10. Jh. entstanden. Zentrum dieser Siedlung war die erste Peterskirche, deren Aussehen nicht überliefert ist.

Im Jahre 1507 wurde die Peterskirche (Peterskirchhof = dort, wo heute "Café Richter" steht) als einschiffige spätgotische Hallenkirche neu gebaut, verlor jedoch nach Einführung der Reformation an Bedeutung. Eine grundlegende Renovierung von 1710-1712 rückte die Kirche nicht nur wieder in das Bewusstsein der Bürger, sondern gab ihr ihre Bedeutung zurück.

So hat J. S. Bach auch in St. Petri als einer seiner vier ständigen Wirkungsstätten in Leipzig musiziert. Nach einem weiteren Umbau wurde sie 1876 zur Pfarrkirche erhoben.

Die Petersgemeinde wuchs auf Grund der planmäßigen Bebauung der Südvorstadt rapide an, so dass die Peterskirche bereits 1876 die Gläubigen nicht fassen konnte. Deshalb wurde 1877 ein Wettbewerb unter 291 deutschsprachigen Architekten ausgeschrieben. Als Areal für den Kirchenbau wurde durch die Stadt der Schletterplatz nahe dem Bayrischen Bahnhof vorgegeben.

1878 gingen 80 Entwürfe namhafter Architekten ein. Die Jury (bestehend zunächst aus Gottfried Semper, später Theophil Hansen, Wien, Friedrich Adler später Hermann Nicolai, Dresden, und Friedrich von Schmidt, Wien) konnte keinen Entwurf zur Ausführung empfehlen. Deshalb wurden die beiden beteiligten Architekten August Hartel und Constantin Lipsius beauftragt, einen gemeinsamen Kompromissentwurf in einem der "christlichen Baustile" zu erarbeiten. Beide Architekten brachten ihre fundierten Kenntnisse und Erfahrungen des gotischen Stils in seiner monumentalsten Ausprägung ein.

Am 17. September 1882 wurde der Grundstein gelegt, am 27. Dezember 1885 erfolgte die Weihe des ersten evangelischen Kirchbaus in Leipzig seit der Reformation. Nach Instandsetzungsmaßnahmen Anfang des 20. Jahrhunderts erlitt das Bauwerk im 2. Weltkrieg erhebliche Beschädigungen (Teilzerstörung der Kapellen, vollkommene Zerstörung des Hauptdaches, Beschädigung der Fassaden, Fenster und der Innenräume). Zehn Jahre stand die Peterskirche ohne Dach. In dieser Zeit ging auch die wertvolle große Sauer-Orgel verloren.

Anlässlich des Evangelischen Kirchentages 1954 in Leipzig wurde das Dach mit Hilfe der schwedischen Kirche wiedererrichtet und die Kirche bis 1966 zur provisorischen Nutzung hergerichtet. In den Jahren 1973/76 wurden mit Hilfe der EKD Wiederaufbaumaßnahmen am Kapellenkranz und Hauptdach durchgeführt. Die Kirchgemeinde bemühte sich unermüdlich um die Sicherung des Bauwerks gegen mutwillige Zerstörungsversuche, die insbesondere von der benachbarten Schule ausgingen. Seit 1990 erfolgt die systematische, abschnittsweise Instandsetzung und Restaurierung der baulichen Substanz (Dachzone, Fassaden, Westwerk, Fenster, Kapellenkranz, Innenrestaurierung).